Семинар обычно проводится по четвергам в 16:00 в
Лаборатории математической биологии и биоинформатики ИПММ Санкт-Петербургского Политехнического университета
ул. Политехническая, 29, Научно-исследовательский корпус, в помещении А.3.30

 

 

Руководитель семинара: Самсонова Мария Георгиевна
  m.samsonova@spbstu.ru
Секретарь: Екатерина Осягина
  osyaginae@mail.ru

 

Как нас найти

Семинар
12.04.2018, 16:00 Алена Соколкова (СПбПУ)

Полногеномный анализ ассоциаций между геномными вариантами образцов нута из коллекции ВИР и фенотипическими признаками.

Аннотация:

В докладе будут представлены результаты полногеномного поиска ассоциаций (GWAS) между геномными вариантами 428 образцов нута из коллекциии ВИР и фенотипическими признаками, измеренными в 2016 и 2017 годах на Кубанской опытной станции ВИР. Перед проведением GWAS анализа были отобраны точечные мутации (SNP) (распределенные по всем 8 хромосомам), прошедшие контроль качества по следующим параметрам: по частоте минорных аллелей и по числу отсутствующих данных. Кроме того, была произведена импутация исходных данных и выполнена фильтрация SNP для проведения GWAS с импутированными данными. GWAS анализ выявил значимые мутации, ассоциированные с различными фенотипами.

Была произведена аннотация найденных значимых мутаций и были аннотированы гены, на которых или вблизи, которых расположены значимые точечные мутации и приведены их функции.